Chỉ ít lâu sau khi tiến quân vào nước Anh, Wiliam và Mary ban thưởng cho John Churchill bằng cách cấp cho ông lãnh địa và phong làm bá tước xứ Marlborough, đồng thời hoàng thân George đã được phong làm công tước xứ Cumberland. Anne đề nghị việc sử dụng cung điện Richmond và phụ cấp của quốc hội. William và Mary ban đầu từ chối đề nghị đó, nhưng về sau lại không thành công trong việc bác bỏ đề nghị tiếp theo, vì thế gây ra sự bất hòa giữa hai chị em[64]. Sự căng thẳng trong mối quan hệ gia tộc trở nên gay gắt hơn khi Wiliam không cho phép Hoàng thân George có được một cấp hàm cao trong quân đội[65]. Đức Vua và Nữ vương lo sợ rằng nếu để cho Anne có quá nhiều sự độc lập thì cuối cùng họ sẽ chẳng còn chút ảnh hưởng nào đối với bà và bà sẽ có thể lập ra một phe phái đối lập với chính quyền[66]. Trong khoảng thời gian đó[67], theo đề nghị của Anne bà và Sarah Churchill, Lady Marlborough, bắt đầu để gọi nhau tên theo họ chồng chứ không câu nệ thân phận vua tôi, tức là họ gọi nhau là Mrs. Morley and Mrs. Freeman, và khi chỉ ở một mình với nhau thì địa vị của họ là bình đẳng[68]. Tháng 1 năm 1692, do nghi ngờ rằng Marlborough đã bí mật âm mưu với những người ủng hộ cựu vương James, tức là phái Jacobites, William và Mary sa thải ông ra khỏi bộ máy cai trị. Để tỏ ý ủng hộ gia tộc Marlboroughs, Anne thường cùng Sarah đi đến một sự kiện tổ chức trong hoàng cung, và từ chối lệnh của Nữ vương chấm dứt mối quan hệ với gia đình Sarah[69]. Lady Marlborough sau đó đã bị cấm đi vào các cung điện của hoàng gia; Anne được tin đó vô cùng giận dữ và bỏ khỏi hoàng cung, đến trú ngụ tại Syon House, ngôi nhà của Công tước xứ Somerset. Do vậy, bà bị tước đi mọi danh hiệu, triều thần bị cấm tới gặp bà, và quyền công dân của Anne cũng bị thu hồi[70]. Vào tháng 4, Anne đã sinh ra một người con trai, nhưng cậu bé đã chết ngay sau khi chào đời có vài phút. Mary đến thăm bà, nhưng không có cảnh tình cảm thắm thiết mà thay vào đó, Nữ vương trách móc Anne vì bà kết bạn với Sarah. Đó là lần cuối cùng hai chị em gặp nhau[71]. Cuối năm đó, Anne chuyển tới Berkeley House tại Piccadilly, Luân Đôn, nơi bà sinh ra một cô con gái chết yểu vào tháng 3 năm 1693[72].

Mary qua đời vì bệnh đậu mùa năm 1694, và Wiliam một mình cai trị nước Anh cho tới khi qua đời. Lúc đó, Anne trở thành người đứng đầu trong danh sách kế vị, vì nếu Wiliam có lấy một người vợ khác và sinh con đi nữa thì quyền kế vị vẫn phải ưu tiên cho con cháu dòng họ Stuart; sau đó hai người công khai hòa giải với nhau. Nhà vua khôi phục danh hiệu cho Anne, cho phép cô sống trong cung điện St James[73], và ban tặng cho bà một số đồ trang sức của Mary lúc còn sống[74], song vẫn tìm cách ngăn trở Anne tham gia vào công việc triều chính, nhất là những khi ông viễn chinh ở nước ngoài[75]. Ba tháng sau, nhà vua phục chức cho Marlborough[76].

Theo lời kể của James, Anne viết thư cho ông vào năm 1696, yêu cầu vua cha không gây hấn sau khi mình kế vị Wiliam, và hứa hẹn sẽ giao trả lại ngai vàng cho James Francis Edward tại một thời điểm thích hợp, song không rõ là James có đồng ý đề nghị đó hay không[77]. Có lẽ Anne đã cố gắng để đảm bảo cho ngày kế vị của mình bằng cách ngăn chặn sự trở lại của James[78].